MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 chromosome II

Total Repeats: 16506

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002506	AGA	2	6	1142	1147	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15600773
2	NC_002506	TTG	2	6	1264	1269	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15600773
3	NC_002506	TGAT	2	8	1336	1343	25 %	50 %	25 %	0 %	15600773
4	NC_002506	CAG	2	6	1377	1382	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15600773
5	NC_002506	AGC	2	6	1391	1396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15600773
6	NC_002506	CAAA	2	8	1415	1422	75 %	0 %	0 %	25 %	15600773
7	NC_002506	GCTG	2	8	1445	1452	0 %	25 %	50 %	25 %	15600773
8	NC_002506	CCAA	2	8	1483	1490	50 %	0 %	0 %	50 %	15600773
9	NC_002506	AAAAGC	2	12	1546	1557	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15600773
10	NC_002506	TCAA	2	8	1585	1592	50 %	25 %	0 %	25 %	15600773
11	NC_002506	GCCA	2	8	1625	1632	25 %	0 %	25 %	50 %	15600773
12	NC_002506	CAT	2	6	1790	1795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15600773
13	NC_002506	CGA	2	6	1802	1807	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15600773
14	NC_002506	TGA	2	6	1810	1815	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600773
15	NC_002506	TTTG	2	8	1817	1824	0 %	75 %	25 %	0 %	15600773
16	NC_002506	ATC	2	6	1855	1860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15600773
17	NC_002506	GAT	2	6	1866	1871	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600773
18	NC_002506	CAAA	2	8	1897	1904	75 %	0 %	0 %	25 %	15600773
19	NC_002506	CGC	2	6	1906	1911	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15600773
20	NC_002506	TC	3	6	1928	1933	0 %	50 %	0 %	50 %	15600773
21	NC_002506	A	6	6	1944	1949	100 %	0 %	0 %	0 %	15600773
22	NC_002506	GC	3	6	2091	2096	0 %	0 %	50 %	50 %	15600773
23	NC_002506	T	6	6	2190	2195	0 %	100 %	0 %	0 %	15600773
24	NC_002506	ATT	2	6	2215	2220	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15600773
25	NC_002506	ACA	2	6	2249	2254	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15600773
26	NC_002506	TCG	2	6	2300	2305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15600773
27	NC_002506	ATG	2	6	2319	2324	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600773
28	NC_002506	TCG	2	6	2399	2404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15600773
29	NC_002506	TC	3	6	2405	2410	0 %	50 %	0 %	50 %	15600773
30	NC_002506	GAAGG	2	10	2412	2421	40 %	0 %	60 %	0 %	15600773
31	NC_002506	GTG	2	6	2496	2501	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15600773
32	NC_002506	ATGTG	2	10	2522	2531	20 %	40 %	40 %	0 %	15600773
33	NC_002506	ACC	2	6	2562	2567	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15600773
34	NC_002506	CAT	2	6	2657	2662	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15600773
35	NC_002506	TGA	2	6	2762	2767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600773
36	NC_002506	TCA	2	6	2856	2861	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15600773
37	NC_002506	AGA	2	6	2867	2872	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15600773
38	NC_002506	GT	3	6	2873	2878	0 %	50 %	50 %	0 %	15600773
39	NC_002506	GCT	2	6	2948	2953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15600773
40	NC_002506	ACA	2	6	2962	2967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15600773
41	NC_002506	TCGA	2	8	2991	2998	25 %	25 %	25 %	25 %	15600773
42	NC_002506	AGATG	2	10	3086	3095	40 %	20 %	40 %	0 %	15600773
43	NC_002506	ATC	2	6	3360	3365	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15600774
44	NC_002506	TGAGAT	2	12	3415	3426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600774
45	NC_002506	CCAC	2	8	3430	3437	25 %	0 %	0 %	75 %	15600774
46	NC_002506	GCG	2	6	3529	3534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15600774
47	NC_002506	CAG	2	6	3634	3639	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15600774
48	NC_002506	GCTTT	2	10	3646	3655	0 %	60 %	20 %	20 %	15600774
49	NC_002506	GCA	2	6	3727	3732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15600774
50	NC_002506	TGA	2	6	3754	3759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600774
51	NC_002506	GT	3	6	3763	3768	0 %	50 %	50 %	0 %	15600774
52	NC_002506	TTCA	2	8	3783	3790	25 %	50 %	0 %	25 %	15600774
53	NC_002506	ATC	2	6	3805	3810	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15600774
54	NC_002506	A	7	7	3811	3817	100 %	0 %	0 %	0 %	15600774
55	NC_002506	ATG	2	6	4176	4181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600775
56	NC_002506	CAA	2	6	4198	4203	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15600775
57	NC_002506	GAA	2	6	4217	4222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15600775
58	NC_002506	CAA	2	6	4239	4244	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15600775
59	NC_002506	TTG	2	6	4340	4345	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15600775
60	NC_002506	ACTG	2	8	4534	4541	25 %	25 %	25 %	25 %	15600776
61	NC_002506	A	7	7	4548	4554	100 %	0 %	0 %	0 %	15600776
62	NC_002506	CTT	2	6	4578	4583	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15600776
63	NC_002506	AAGC	2	8	4601	4608	50 %	0 %	25 %	25 %	15600776
64	NC_002506	GAA	2	6	4815	4820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15600777
65	NC_002506	CGG	2	6	4918	4923	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15600777
66	NC_002506	A	6	6	4973	4978	100 %	0 %	0 %	0 %	15600777
67	NC_002506	ACCA	2	8	5046	5053	50 %	0 %	0 %	50 %	15600777
68	NC_002506	TGG	2	6	5077	5082	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15600777
69	NC_002506	TACC	2	8	5125	5132	25 %	25 %	0 %	50 %	15600777
70	NC_002506	CA	3	6	5193	5198	50 %	0 %	0 %	50 %	15600777
71	NC_002506	GAT	2	6	5234	5239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600777
72	NC_002506	GAA	2	6	5240	5245	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15600777
73	NC_002506	TGA	2	6	5262	5267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600777
74	NC_002506	GACA	2	8	5284	5291	50 %	0 %	25 %	25 %	15600777
75	NC_002506	TTC	2	6	5339	5344	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15600777
76	NC_002506	TGT	2	6	5428	5433	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15600777
77	NC_002506	CAG	2	6	5498	5503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15600777
78	NC_002506	AAT	2	6	5526	5531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15600777
79	NC_002506	GAT	2	6	5849	5854	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471193270
80	NC_002506	GCA	2	6	5859	5864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471193270
81	NC_002506	GATC	2	8	5917	5924	25 %	25 %	25 %	25 %	471193270
82	NC_002506	GCG	2	6	5966	5971	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	471193270
83	NC_002506	TGG	2	6	6010	6015	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471193270
84	NC_002506	CAT	2	6	6046	6051	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471193270
85	NC_002506	GTG	2	6	6054	6059	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471193270
86	NC_002506	GGCAG	2	10	6133	6142	20 %	0 %	60 %	20 %	471193270
87	NC_002506	GC	3	6	6148	6153	0 %	0 %	50 %	50 %	471193270
88	NC_002506	TC	3	6	6196	6201	0 %	50 %	0 %	50 %	471193270
89	NC_002506	TGG	2	6	6249	6254	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471193270
90	NC_002506	GGCT	2	8	6274	6281	0 %	25 %	50 %	25 %	471193270
91	NC_002506	CG	3	6	6299	6304	0 %	0 %	50 %	50 %	471193270
92	NC_002506	GATT	2	8	6343	6350	25 %	50 %	25 %	0 %	471193270
93	NC_002506	GAT	2	6	6352	6357	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471193270
94	NC_002506	GCT	2	6	6506	6511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471193270
95	NC_002506	GC	3	6	6636	6641	0 %	0 %	50 %	50 %	15600779
96	NC_002506	CCG	2	6	6713	6718	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15600779
97	NC_002506	TGCTC	2	10	6776	6785	0 %	40 %	20 %	40 %	15600779
98	NC_002506	ATA	2	6	6820	6825	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15600779
99	NC_002506	T	6	6	6845	6850	0 %	100 %	0 %	0 %	15600779
100	NC_002506	GTA	2	6	6886	6891	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600779
101	NC_002506	TG	3	6	6963	6968	0 %	50 %	50 %	0 %	15600779
102	NC_002506	CG	3	6	7057	7062	0 %	0 %	50 %	50 %	15600779
103	NC_002506	GAG	2	6	7086	7091	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15600779
104	NC_002506	GCT	2	6	7173	7178	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15600779
105	NC_002506	CTT	2	6	7190	7195	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15600779
106	NC_002506	GAGC	2	8	7213	7220	25 %	0 %	50 %	25 %	15600779
107	NC_002506	GTCG	2	8	7245	7252	0 %	25 %	50 %	25 %	15600779
108	NC_002506	ATT	2	6	7287	7292	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15600779
109	NC_002506	GTT	2	6	7296	7301	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15600779
110	NC_002506	TCTCT	2	10	7358	7367	0 %	60 %	0 %	40 %	15600779
111	NC_002506	TGC	2	6	7435	7440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15600779
112	NC_002506	TTGA	2	8	7446	7453	25 %	50 %	25 %	0 %	15600779
113	NC_002506	ATG	2	6	7462	7467	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600779
114	NC_002506	CT	3	6	7477	7482	0 %	50 %	0 %	50 %	15600779
115	NC_002506	TGCG	2	8	7541	7548	0 %	25 %	50 %	25 %	15600779
116	NC_002506	ATG	2	6	7612	7617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600779
117	NC_002506	ATT	2	6	7630	7635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15600779
118	NC_002506	AGC	2	6	7663	7668	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15600779
119	NC_002506	GCCA	2	8	7674	7681	25 %	0 %	25 %	50 %	15600779
120	NC_002506	TA	3	6	7685	7690	50 %	50 %	0 %	0 %	15600779
121	NC_002506	GCT	2	6	7703	7708	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15600779
122	NC_002506	GC	4	8	7714	7721	0 %	0 %	50 %	50 %	15600779
123	NC_002506	ATA	2	6	7851	7856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15600779
124	NC_002506	TCG	2	6	7955	7960	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15600779
125	NC_002506	TAA	2	6	7968	7973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15600779
126	NC_002506	CAT	2	6	8051	8056	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15600779
127	NC_002506	CAT	2	6	8142	8147	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15600779
128	NC_002506	CAT	2	6	8211	8216	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15600779
129	NC_002506	AAAG	2	8	8245	8252	75 %	0 %	25 %	0 %	15600779
130	NC_002506	GTTA	2	8	8302	8309	25 %	50 %	25 %	0 %	15600780
131	NC_002506	CGGTAT	2	12	8331	8342	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15600780
132	NC_002506	CTTG	2	8	8396	8403	0 %	50 %	25 %	25 %	15600780
133	NC_002506	TAA	2	6	8449	8454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15600780
134	NC_002506	AGTG	2	8	8481	8488	25 %	25 %	50 %	0 %	15600780
135	NC_002506	CAT	2	6	8559	8564	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471193271
136	NC_002506	CAA	2	6	8584	8589	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471193271
137	NC_002506	CAA	2	6	8592	8597	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471193271
138	NC_002506	GCC	2	6	8612	8617	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	471193271
139	NC_002506	AGCA	2	8	8716	8723	50 %	0 %	25 %	25 %	471193271
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141	NC_002506	A	6	6	8818	8823	100 %	0 %	0 %	0 %	471193271
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143	NC_002506	TGA	2	6	8888	8893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471193271
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160	NC_002506	GC	3	6	9954	9959	0 %	0 %	50 %	50 %	15600782
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259	NC_002506	A	6	6	14990	14995	100 %	0 %	0 %	0 %	15600785
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262	NC_002506	TGA	2	6	15151	15156	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15600785
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265	NC_002506	TTG	2	6	15438	15443	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15600785
266	NC_002506	GCA	2	6	15580	15585	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15600785
267	NC_002506	CAG	2	6	15608	15613	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15600785
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270	NC_002506	CG	3	6	15737	15742	0 %	0 %	50 %	50 %	15600785
271	NC_002506	TGC	2	6	15783	15788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15600785
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293	NC_002506	GCA	2	6	16971	16976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15600785
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299	NC_002506	CTG	2	6	20018	20023	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15600788
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386	NC_002506	A	6	6	24544	24549	100 %	0 %	0 %	0 %	15600791
387	NC_002506	ACA	2	6	24551	24556	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15600791
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